El juego muestra tres personajes jugables confirmados del juego original: Jennifer Mui, Mattias Nilsson y Chris Jacobs.[2]

Mercenaries 2: World in Flames está ambientado en el año 2010. La historia sigue la caza de Ramón Solano por el jugador, una gran figura politica quien contrata al mercenario del jugador por un trabajo, a quien luego se refusa a pagar e intenta matarlo(a). Después de un golpe de Estado, Solano se vuelve dictador de Venezuela. Usa su posición para apoderarse del control nacional del suministro de petróleo lo que desencadena un incidente internacional y angustia en la OPEP. Junto con las Fuerzas rebeldes de Solano, la mayor parte del Ejército venezolano apoya fieramente la causa del dictador. Las otras fuerzas rebeldes, en oposición a Solano, han surgido bajo el nombre de EPLV (Ejército Popular de Liberación de Venezuela). Pronto se les unen a la pelea por el control del petróleo numerosas facciones, entre ellas la Corporación Universal Petrolífera; los Piratas Rastafarios (el equivalente a la Mafia rusa de la primera entrega de Mercenaries);EPL de China; y la AN (Alianza de Naciones). Estas seis fuerzas forman inevitablemente la columna de una guerra que determinará el destino del suministro de petróleo del país. pasando por la zonas mas populares de Caracas como Petare el silencio (centro ) de Caracas y ciudades importantes como Maracaibo, Merida, Valencia, Santa Rita ect...


Traicionado, el mercenario se aliará con cualquiera de las otras facciones para atrapar a Solano y hacer algo de dinero en el camino.